Ví dụ: a[-5][-6] = 1 thì xử lý bằng cách a[-5 + p][-6 + p] = 1 với p là sổ đủ lớn để chỉ số cần đánh dấu khi cộng p >= 0

Còn một cách khác để đánh dấu là bạn dùng Map trong STL

#include <iostream>
#include <string>
#define MAXN 200

int a[256][256];
std::string b[MAXN][MAXN];

int main() {
	
	a['A']['G'] = 12345;
	std::cout << a['A']['G'] << std::endl;
	
	b[-5 + MAXN][-6 + MAXN] = "TEST_STRING";
	std::cout << b[-5 + MAXN][-6 + MAXN] << std::endl;
	
	return 0;
}

Vì mỗi kí tự được biểu diễn bằng số trong bảng mã ASCII nên bạn cứ dùng như nó như chỉ số bình thường thôi.

Ok tks bạn ^^

Ờ mà bạn chỉ rõ cho mình biết cách dùng Map vs

Map thì bạn có thể tra trong đây http://www.cplusplus.com/reference/map/map/

Bản chất map là một cái cây, do đó mỗi thao tác trên map thường có độ phức tạp là O(logN) (với N là số phần tử của map)
Bạn có thể sử dụng map như mảng bình thường nhưng độ phức tạp của bạn sẽ tăng lên.

Ví dụ 

Mảng 

int a[10];
int n = 10;
//O(n)
for(int i = 0; i < n; ++i) 
    a[i] = i;
a[8] = 15; //O(1)
a[8] += 1; //O(1)

Map

map<int, int> a;
int n = 10;
//O(NlogN)
for(int i = 0; i < n; ++i) 
    a[i] = i;
a[8] = 15; //O(logN)
a[8] += 1; //O(logN)

Để hiểu chi tiết về map bạn đọc link mình gửi :D 
Map là một công cụ tốt của C++ giúp bạn có thể code các bài toán một cách đỡ phức tạp hơn :D

thanks ^^